Gebäude
Das ehemalige Jesuitenkolleg wurde 1627-29 im Anschluss an den Chor der Jesuitenkirche unter Architekt Johannes Holl SJ begonnen. 1630/31 folgte der langgestreckte Westtrakt unter Albert Vaironi aus Rovereto. Vollendet wurde das Geviert um zwei Höfe von 1668-1671 mit dem Ostflügel und dem Quertrakt durch Architekt Michael Thumb.

Im Jahre 1618 gegründet wurde das Jesuitenkolleg bis 1773 von den Jesuiten genutzt. Von 1777 bis 1781 diente es als kurfürstliches Jagdschloss, von 1781 bis 1808 war es Sitz einer Malteserkommend. 1820 wurde das Colleg säkularisiert und an private Besitzer verkauft. Seit 1980 im Besitz des Landkreises Unterallgäu.

Die Stadt Mindelheim eröffnete dort 1986 in 16 Räumen ein Textilmuseum, 1989 im ersten Obergeschoss das Schwäbische Krippenmuseum. Im 2. Obergeschoss des Ostflügels wurde 1994 die neue Filiale der Archäologischen Staatssammlung eingerichtet.

Museum
Das Südschwäbische Archäologiemuseum Mindelheim mit einer Ausstellungs-fläche von 582 qm wurde als neuntes Zweigmuseum der archäologischen Staatssammlung München am 6. Mai 1994 der Öffentlichkeit übergeben. Es ist als Vorgeschichtsmuseum für Südschwaben konzipiert.

Das Museum hat die Besiedlungs- und Kulturgeschichte dieser Region zum Thema von der Eiszeit bis ins frühe Mittelalter. Die Darstellung erfolgt überwiegend anhand von archäologischen Funden und Befunden aus den Landkreisen Ober-, Unter- und Ostallgäu. Wichtige neue Forschungsergebnisse aus den angrenzenden oberbayerischen Landkreisen Landsberg und Weilheim-Schongau sind mit in die Ausstellung einbezogen worden.

Rundgang
Der Rundgang durch das Museum entspricht der zeitlichen Abfolge der vorgeschichtlichen Perioden. Er beginnt einführend mit einem kurzen Abriss der Erdgeschichte und einer Erläuterung der Geologie und Topographie der Region.

Mittelsteinzeit (8000 - 5500 v. Chr.)
Erste sichere Hinweise auf den Aufenthalt von Menschen im Gebiet des südlichen Schwaben gibt es seit der Mittelsteinzeit. Die einzigen archäologischen Quellen für diese Zeit, in der die Menschen als nomadisierende Jäger und Sammler umherzogen, sind Steinwerkzeuge von vereinzelten Rastplätzen, wie z.B. von der Ochsenbergwand bei Wasach, Landkreis Oberallgäu.

Jungsteinzeit (5500 - 2200 v. Chr.)
Mit Beginn dieser Periode wurden die Menschen sesshaft und betrieben Ackerbau und Viehzucht. Ausstellungsschwerpunkt für die Jungsteinzeit ist die Siedlung von Pestenacker, Landkreis Landsberg, die zur so genannten Altheimer-Kultur gehört. Die Leute lebten dort damals in Wohnstallhäusern, welche in Holzbauweise errichtet waren.

Die Vermoorung des Talgrundes hatte die Voraussetzungen für die Konservierung der prähistorischen Bauten geschaffen. So war es möglich, einen der Hausböden bei der Ausgrabung abzuformen und dann in Originalgröße im Museum zu präsentieren. Rekonstruktionszeichnungen veranschaulichen die Bauart und das Aussehen des ca. 5500 Jahre alten Gebäudes, das nach naturwissenschaftlicher Datierung in den Jahren 3496/95 v. Chr. erbaut worden ist. Verschiedenartige Knochen- und Steingeräte sowie typische Tongefäße vermitteln einen lebendigen Eindruck vom täglichen Leben der Bewohner der Siedlung.

Bronzezeit (2200 - 750 v. Chr.)
In der Bronzezeit wurde das neue Material Bronze bestimmend für die wirtschaftliche und kulturelle Entwicklung dieser Zeit. Bronze eignete sich vorzüglich zur Herstellung sowohl von Schmuck- und Trachtgegenständen als auch von Werkzeugen und Waffen. Eine Vielzahl eindrucksvoller Funde aus Südschwaben zeigt die zunehmende Aufsiedlung der Region an.

Dass man es bereits in der späten Bronzezeit verstand, Verkehrswege durch Moore zu bauen, belegt ein Knüppeldamm durch das Gallmoos bei Agathazell, östlich von Immenstadt. Da die Hölzer des Weges nicht konserviert wurden, wird in der Ausstellung ein etwas jüngerer vergleichbarer Knüppelweg gezeigt, dessen Hölzer erhalten sind. Dieser Fund aus dem Landkreis Traunstein verdeutlicht dem Besucher das Aussehen eines prähistorischen Weges durch das Moor.

Eisenzeit (750 - 15 v. Chr.)
Für die frühe Eisenzeit dokumentieren die Funde aus dem Mindelheimer Hügelgräberfeld den Wohlstand der Oberschicht: mehrfach findet sich unter den Grabbeigaben sehr reiches und aufwendig gearbeitetes Pferdegeschirr, welches auf den Besitz eines vierrädrigen Wagens mit einem Gespann zweier Pferde hinweist.

Sehr verschiedenartig hinsichtlich Form und Verzierung zeigen sich Tongefäße, die in großer Anzahl als komplettes Service anzutreffen sind. leuchtendes Zeugnis für Geldwirtschaft und Handel bei den Kelten der späten Eisenzeit (2./1.Jh. v. Chr.) ist der Münzschatzfund von Sontheim, Landkreis Unterallgäu, bestehend aus über 350 goldenen so genanntenRegenbogenschüsselchen-Stateren.

Römerzeit (15 v. Chr. - ca. 400 n. Chr.)
Die Okkupation des Alpenvorlandes durch die Römer und der Ausbau der Provinz Rätien werden am Beispiel der frührömischen befestigten Siedlung auf dem Auerberg, Landkreis Weilheim-Schongau veranschaulicht. Verschiedenartige Erzeugnisse römischen Handwerks, aber auch der Verteidigungstechnik belegen den technischen Fortschritt, den die Römer mit nach Norden brachten. Die Rekonstruktion eines Katapultes, eines Pfeilgeschützes, und der Nachbau eines bereits gefederten Reisewagens in Originalgröße sind die Attraktionen der Ausstellung.

Den Luxus einiger ländlicher Gutshöfe zeigt sehr eindrucksvoll die rekonstruierte, mit Fresken geschmückte Apsis des Badegebäudes einer villa rustika von Schwangau, Landkreis Ostallgäu. Ein Modell der spätrömischen Befestigung auf dem Goldberg bei Türkheim steht für das Ende der römischen Herrschaft in Rätien.

Frühes Mittelalter (5. - 8. Jh.)
Der frühmittelalterliche Landesausbau durch die Germanen im 6. und 7. Jahrhundert wird durch die reichen Funde aus dem alemannischen Gräberfeld von Mindelheim belegt. Lebensgroße Figuren in alemannischer Tracht zeigen die Tragweise des teilweise prunkvollen Silber- und Goldschmuckes der Frauen; aber auch jene der durch Silbereinlagen glitzernden Gürtelbeschläge der Männer.

Einen schönen Blickfang am Abschluss des Rundganges und zugleich Zeichen für die Christianisierung des Landes bilden die farbig und großformatig wiedergegebenen Illustrationen aus einer berühmten frühmittelalterlichen Handschrift, mit dem "Wessobrunner Gebet".